Akcja opowieści rozgrywa się w latach pięćdziesiątych XX wieku. Thomas to dziewięcioletni, wrażliwy i bardzo inteligentny chłopiec. Wraz z rodzicami i starszą siostrą mieszka w Amsterdamie. Klopperowie to na pozór zwyczajna, tradycyjna rodzina, jakich wiele spotkać można zarówno w dużych, jak i w małych miasteczkach. Im jednak czytelnik głębiej wchodzi w jej strukturę, im lepiej poznaje sterujące nią mechanizmy, tym mocniej dostrzega, że coś u Klopperów jest nie do końca w porządku. Zagadka rozwiązana zostaje podczas jednego ze wspólnych niedzielnych obiadów. Ojciec Thomasa to człowiek, który głęboko wierzy w Boga. Nie jest to jednak wiara ufna i pełna nadziei, ale wiara opierająca się na twardych, poznanych najprawdopodobniej za sprawą Starego Testamentu zasadach. Bóg dla Kloppera nie jest kochającym ojcem. Jest surowym sędzią, który twardą ręką karze nieposłusznych i grzeszników. Stawiając sobie takiego Boga za przykład, pan Klopper wypełnia misję nawracania i dbania o zbawienie swojej rodziny. Oczywiście, przy pomocy twardej ręki, warząchwi i skórzanego pasa. Mały Thomas nie godzi się na takie traktowanie. Chociaż wymierzane przez ojca razy przyjmuje z cierpliwością, to nie potrafi patrzeć z zaciśniętymi ustami, gdy ojciec bije matkę. Chłopiec wyobraża sobie, że wtedy anioły zakrywają oczy, a na całej ziemi zaczyna padać deszcz. Swoje przemyślenia, spostrzeżenia i niezwykłe spotkania, chociażby z Jezusem, jakie przytrafiają mu się przede wszystkim w trudnych momentach życia, chłopiec spisuje w swoim zeszycie, który nazwał Książką wszystkich rzeczy, to poruszająca opowieść o sile miłości, przyjaźni, która dla postronnych obserwatorów nie ma prawa bytu oraz o prawdziwej, płynącej głęboko z serca wierze. Guus Kuijer narratorem swojej opowieści uczynił dziewięcioletniego chłopca, który ze swojej prostej, niczym jeszcze nie zaciemnionej perspektywy woła o szczęście. Prostym, niezwykle przejmującym językiem prosi, by Klopperowie stali się wreszcie kochającą i ufającą sobie nawzajem rodziną.